為了更好地建設企業信息化，提高企業競爭力，越來越多的企業逐漸實施了MES。但是，MES的實施并非一帆風順，總會出現一些問題。這里就分析其中的一些典型的問題。

1. 需求不清：MES來源于國外，國內企業對MES的理解還是很有限的，導致對企業需求難以準確把握，或需求含糊。

2. 期望過高：認為MES是萬靈藥，能解決之前其他系統實施時遺留的難題，如信息及時反饋、質量管理、高級計劃排程等，但理想與現實總是存在較大的差距。

3. 邊界不清：MES在功能上會與其他信息系統有一定的重疊，那么該如何界定不同系統之間的邊界，又該如何與上下層系統之間完成集成？

4. 重點含糊：MES也有許多個標準模塊，哪些模塊是重點關鍵，實施先后又應如何？

5. 個性淹沒：生產模式的個性決定了MES需求出呈現很強的行業特點。如何在不失先進性的同時有效把握自身的個性化需求？

6. 選型難定：面對市場上眾多不同的解決方案，企業如何拔開迷霧，進行科學選型？

7. 準備不足：MES是需要大量的基礎數據來支撐的，而且很多數據是需要從前期的信息系統中獲取的，由于準備不足，隨著實施的深入，相關問題就會爆發。

8. 評估缺失：缺乏合理的、科學的應用評估體系，價值難以顯現，持續深化應用乏力。

9. 已經了解這么多問題，那么企業就應該知道：在確定實施MES前，要做好足夠充分的前期準備，認真分析企業的業務需求，理清企業的重點關鍵，還要尋找合適的系統廠商，雙方一起合作，才能保證MES的成功實施。